国家卓越工程师学院实行理事会负责制，理事会主要对卓越工程师学院机构设置、发展规划、招生规模、建设经费、人员聘用等重大事项进行决策，衔接校企双方各项具体事务。

理事长单位：西安交通大学

联席理事长单位：中国大唐集团有限公司

理事单位由与我校开展工程硕博士专项联合培养企业为主，采取动态调整原则，主要包括中国大唐集团有限公司、中国核工业集团有限公司、中国航天科技集团有限公司、中国航天科工集团有限公司、中国航空工业集团有限公司、中国船舶集团有限公司、中国兵器工业集团有限公司、中国电子科技集团有限公司、中国航空发动机集团有限公司、中国石油天然气集团有限公司、国家电网有限公司、 中国南方电网有限责任公司、中国华能集团有限公司、中国华电集团有限公司、国家电力投资集团有限公司、中国长江三峡集团有限公司、中国电信集团有限公司、中国移动通信集团有限公司、中国卫星网络集团有限公司、中国机械工业集团有限公司、中国东方电气集团有限公司、中国通用技术（集团）控股有限责任公司、中国建筑集团有限公司、招商局集团有限公司、中国广核集团有限公司、怀柔国家实验室、散裂中子源科学中心、深圳迈瑞生物医疗电子股份有限公司等联合培养企业。